Esta es la doceava participación del Junior de Barranquilla en la Copa Libertadores de América, el equipo ha participado en la edición de 1971, donde compartía grupo con el Deportivo Cali (Col), Barcelona (Ecu) y Guayaquil (Ecu), el Junior quedó eliminado en primera ronda. En la edición de 1978 compartía grupo con Danubio (Uru), Deportivo Cali (Col) y Peñarol (Uru), el equipo queda eliminado nuevamente en primera ronda. En la edición de 1981 comparte grupo con River Plate (Arg), Deportivo Cali (Col) y Rosario Central (Arg). Por tercera vez consecutiva Junior de Barranquilla es eliminado en la Fase de Grupos. En la edición de 1984 comparte grupo con América de Cali (Col), Flamengo (Bra) y Santos (Bra). Otra vez Junior no logra avanzar más allá de la primera ronda. Luego de haber participado 4 veces en la Copa Libertadores y no haber avanzado mas allá de la primera ronda Junior juega su 5ta Copa, esta vez en la edición de 1994, los rojiblancos comparten grupo con Independiente Medellín (Col), Olimpia (Par) y Cerro Porteño (Par). Por primera vez en su historia los Barranquillero avanzan a Octavos de Final y se enfrentaría a Colo Colo de Chile, Junior derrota a los Chilenos por penales y avanza a cuartos de final donde tendría que enfrentar al Independiente Medellín, en Barranquilla Junior consigue una victoria de 2-0 y en el partido de vuelta empata a cero gol, gracias a esto los tiburones avanzan a semifinales donde quedó eliminado a manos de Vélez Sarsfield (Arg) por penales y a la postre el equipo Argentino se coronaria campeón de la copa. En la edición de 1996 Junior comparte grupo con América de Cali (Col), Guabirá (Bol) y San José (Bol). Junior clasifica a octavos de final, posteriormente vence a Cerro Porteño y avanza a cuartos de final donde es eliminado por el América de Cali. En la edición del 2000 Junior comparte grupo con Cerro Porteño (Par), San Lorenzo (Arg) y Universitario (Per). Esta Vez los Barranquilleros son eliminados en octavos de final a manos de Atlas de México. En la edición de 2001 Junior comparte grupo con Rosario Central (Arg), Vélez Sarsfield (Arg) y Universitario (Per). Junior es eliminado en octavos de final al perder la llave con el Boca Juniors de Argentina. En la edición de 2005 los rojiblancos avanzan a la fase de grupos al vencer a Oriente Petrolero (Bol) Y comparten grupo con Nacional (Urg), Olmedo (Ecu) y River Plate (Arg). Junior clasifica a Octavos de final, pero es eliminado por el Boca Juniors de Argentina. En la edición de 2010 los Tiburones son eliminados en la ronda preliminar a manos de Racing de Uruguay. En la edición 2011 Junior de Barranquilla de la sorpresa y pasa como primero del grupo, y es favorito a ganar la copa, pero es eliminado por Jaguares de México. La Mayor goleada conseguida por los Tiburones fue en la edición de 1996 y goleo 6-1 al Guabirá de Bolivia. Esperemos que esta vez las cosas se den y a mitad de año podamos celebrar la conquista de la copa.
